A Controladoria-Geral da União (CGU) ouviu o funcionário responsável pela Unidade Básica de Saúde (UBS) Parque Peruche na época em que Bolsonaro supostamente teria se vacinado, assim como enfermeiros, técnicos de enfermagem e outros profissionais de saúde. Eles afirmaram que o ex-presidente nunca esteve no local. A CGU também obteve dados da Força Aérea Brasileira, os quais indicam que Bolsonaro retornou de São Paulo para Brasília em 18 de julho de 2021, um dia antes da data da suposta vacinação, quando o então presidente estava na capital paulista para tratar um quadro de obstrução intestinal.
Apesar de apontar para uma possível fraude no cartão de vacinação, a equipe técnica da CGU recomendou o arquivamento do caso devido à falta de provas suficientes contra funcionários públicos durante a investigação. A CGU identificou fraudes em São Paulo e no Rio de Janeiro, levando a Polícia Federal a iniciar uma investigação focada no estado fluminense.
A investigação revelou que os funcionários da UBS Parque Peruche compartilhavam um mesmo login e senha de acesso ao Sistema VaciVida durante a inserção dos dados falsos, tornando difícil identificar o responsável pela inserção. A CGU concluiu que o sistema poderia ser acessado de qualquer local com acesso à internet. O registro falso foi incluído apenas no Sistema VaciVida, não nos livros físicos da UBS Parque Peruche, fortalecendo a hipótese de fraude online.
A CGU destacou que os dados transmitidos pelo sistema VaciVida sobre a suposta imunização de Bolsonaro em 19 de junho de 2021 eram válidos, mas não se mostraram verdadeiros pelas provas colhidas. A investigação ressalta que, mesmo os funcionários presentes na UBS Parque Peruche, tanto no dia da suposta vacinação quanto no dia do registro (14/12/2021), afirmaram que Bolsonaro nunca compareceu ao local para se vacinar. Embora a CGU sugira o arquivamento, ressalta a continuidade de uma investigação policial conduzida pela Polícia Federal, cujos resultados poderiam levar à reabertura do procedimento se envolverem agentes com vínculo com o Poder Público Federal nos fatos.
